Esta escuela recibe el nombre debido al legendario Bokuden Tsukahara (1498-1571), el cual era un maestro de espada que fundó la escuela Shinto Ryu. Bokuden escribió unos manuscritos secretos (densho) que fueron encontrados, donde explicaba las lecciones orales que impartía a sus alumnos y el motivo de porque la escuela recibía su nombre (Shinto ryu Bokuden Ryu).

En la treceava generación sucedió un hecho importante, hubo un samurai llamado Aoyama Banryuken Nariyoshi con cargo Matsumoto y perteneciente a la familia Mizuno, que estudió bajo la tutela de Shimizu Jiroemon. Pero la familia Mizuno perdió su status por orden directa del Shogun Tokugawa, convirtiéndose este en Ronin (samurai sin señor) y fundando posteriormente una escuela en la provincia de Matsushiro donde añadió técnicas de la escuela Sekiguchi ryu ju Jutsu a la escuela Bokuden Ryu, tales como koshi no mawari (girar cadera). Por tanto en la escuela de Aoyama se practicó Kenjutsu, Sojutsu, Bojutsu, Koshi no Mawari y Torite.

Actualmente el soke es Kaminaga Shigemi, quien tiene como alumno al maestro Kai Kuniyuki actual soke de esta escuela, creador este del Nippon Budo in Seibukan del cual estamos supervisados a partir del dojo Shintaikan presidido por el maestro Pau Ramon Planellas y siendo este el delegado en España del dojo del maestro Kai.